La Dependencia de Ciencia y Tecnología del CEMIL se erige como el epicentro estratégico para la gestión, supervisión y ejecución de políticas, planes y programas en concordancia con las directrices emanadas por el Ejército a través de la Dirección de Ciencia y Tecnología (DITEC), en armonía con los marcos legales establecidos por MINCIENCIAS, SCIENTI y el Ministerio de Educación Nacional. Esta dependencia se enfoca en propiciar las condiciones necesarias para desarrollar y aprovechar el talento investigativo en las 11 escuelas de Capacitación y los 10 programas de educación superior que ofrece la institución, tanto en su aspecto formal como formativo. Esto implica promover el desarrollo científico, tecnológico y la innovación mediante proyectos, eventos de difusión científica y académica, así como el desarrollo de trabajos de grado o actividades de investigación dentro del aula. Asimismo, la dependencia se encarga de recopilar y analizar información relevante sobre el avance de la investigación en la institución, coordinando la implementación de medidas para promover la calidad y excelencia en esa área, proyectando al crecimiento científico y tecnológico.